چهار لاکپشت کودک که توسط یک ماده‌ی سمی به نام جهش‌زا یا موتاژن، جهش یافته شدند. آنها به کمک یک جهش یافته‌ی دیگر که دوست آنها محسوب می‌شد و «استاد اسپلینتر» نام داشت، در زمینه‌ی هنرهای رزمی مثل نینجوتسو آموزش دیدند. از آنجایی که این لاکپشتها هر کدام سبک مبارزه‌ای مخصوص به خود و همچنین شخصیت متفاوتی نسبت به یکدیگر داشتند، باعث شد که بتواند یک تیم خیلی خوب و توانمند را تشکیل دهند و اعضای خیلی خوبی در کنار یکدیگر باشند.
گروه لاکپشت‌های نینجای نوجوان جهش یافته که به طور خلاصه لاکپشت‌های نینجا یا TMNT هم به آنها گفته می‌شود، متشکل از چهار لاکپشت نوجوان شبیه به انسان است. نام اعضای این گروه، از هنرمندان ایتالیایی‌ای که در دوران رنسانس فعالیت می‌کردند، گرفته شده است. فاضلاب‌های شهر نیویورک محل زندگی این جهش یافته‌ها محسوب می‌شود. آنها با مجرمان خرده‌پا، جنایتکاران بزرگ و شرور، موجودات جهش یافته و حتی مهاجمان بیگانه مبارزه می‌کردند و تمام تلاششان بر این است که خود را از جامعه دور و پنهان نگه دارند. این شخصیت‌ها توسط کوین ایستمن و همچنین پیتر لیرد ساخته شده‌اند.
در ابتدا، این شخصیت‌های لاکپشتی چیزی بیشتر از یک سری کاراکتر کتاب‌های کمیک استریپ نبودند اما خیلی زود محبوبیت آنها زبان‌زد خاص و عام شد. این شخصیت‌ها ابتدا در کتاب‌های کمیکی که توسط کمپانی میراژ استودیوز (Mirage Studios) منتشر می‌شد، حضور پیدا می‌کردند اما بعد از گذشت مدتی حیطه‌ی فعالیتی آنها گسترده شد و ما شاهد حضور آنها در انیمیشن‌های سریالی، فیلم‌ها، بازی‌های ویدیویی و موارد دیگر هم بودیم. در اواخر دهه ۱۹۸۰ و اوایل ۱۹۹۰، این لاکپشتها در بهترین وضعیت خود بودند و به بالاترین درجه از محبوبیت در آن زمان دست پیدا کردند. این محبوبیت به حدی بود که دیگر آنها در سطح جهانی موفقیت کسب می‌کردند و تقریبا همه آنها را می‌شناختند.
داستان گروه لاکپشت‌های نینجای نوجوان جهش یافته در ژاپن و در سال ۱۹۶۴ با یک موش خانگی که به فردی به نام «هاماتو یوشی» تعلق داشت، آغاز شد. این موش اغلب اوقات به تماشای صاحب خود می‌نشست و تمرین‌های او را نگاه می‌کرد. خیلی زود این موش هم حرکات صاحبش را یاد گرفت و کم کم تلاش کرد که ادای او را در بیاورد. یوشی بهترین مبارز Foot Clan محسوب می‌شد و تنها رقیب او، مردی به نام «اوروکو ناگی» بود. اوروکو در تمام زمینه‌ها با هاماتو رقابت می‌کرد تا بتواند برتری را نسبت به او کسب کند اما در مورد زنی به نام «تانگ شن»، اوروکو اصلا حرفی برای گفتن نداشت. با اینکه هر دوی آنها در تلاش بودند تا نظر این زن را به خود جلب و نسبت به او ابراز علاقه کنند، اما این زن از همان ابتدا عاشق یوشی بود. یک روز که یوشی به خانه‌ی شن رفت، متوجه شد که ناگی به طرز بسیار بدی در حال کتک زدن این زن است. ناگی قصد داشت تا با این کار، شن را عاشق خود بکند. یوشی که با دیدن این صحنه به‌شدت عصبانی شده بود، به سمت ناگی حمله‌ور شد و او را به قتل رساند.
بعد از این اتفاق، یوشی به‌شدت احساس شرمساری می‌کرد زیرا یکی از اعضای قبیله‌ی خودشان را به قتل رسانده بود. بعد از این جریان، او تنها دو گزینه مقابل خود می‌دید؛ خودش را بکشد و امیدوار باشد که در آینده بتواند افتخاری را به‌دست بیاورد یا اینکه فرار کند و به کشور دیگری برود. یوشی گزینه‌ی دوم را انتخاب کرد. به همین دلیل شن و همچنین موش خانگی خود را برداشت و به شهر نیویورک مهاجرت کرد.
با اینکه ناگی مرد و قاتل او هم به کشور دیگری رفته بود، اما در ژاپن برادر کوچکتر ناگی یعنی «اوروکو ساکی» به خودش قول داد که انتقام برادرش را از کسانی که مقصر اصلی این اتفاق بودند، بگیرد. به همین دلیل، او در قبیله‌ی Foot Clan ثبت نام کرد و در طی سال‌ها، تبدیل به مرگبارترین و بهترین مبارز آنها شد. بعد از این جریانات، این قبیله تصمیم گرفت که نفوذ خود را در سایر نقاط جهان هم گسترش دهد. زمانی که ساکی از این موضوع با خبر شد، تصمیم گرفت که رهبری شعبه‌ی آمریکایی قبیله‌اش را برعهده داشته باشد. ساکی از این فرصت استفاده کرد تا زمینه‌ی گرفتن انتقام را فراهم کند. او شعبه‌ی آمریکایی قبیله‌ی خود را در شهر نیویورک بنا کرد و نام « Shredder» را روی خود گذاشت. او، یوشی و شن را تعقیب کرد و در نهایت با خونسردی کامل آنها را به قتل رساند.
بعد از این اتفاق ناگوار، موش خانگی یوشی مجبور شد که خیابان‌ها را برای پیدا کردن غذا زیر و رو کند. یک روز، او شاهد یک تصادف جاده‌ای بود؛ تصادفی که در آن، یک کامیون حامل ضایعات سمی وجود داشت. در همین حین، یک قوطی نارنجک‌مانند از درون این کامیون بیرون آمد و با یک کاسه که دارای چهار بچه لاکپشت بود، اصابت کرد. این قوطی به همراه آن چهار لاکپشت کوچک به درون یک حفره‌ی باز افتادند. این موش که شاهد این اتفاق بود، لاکپشتها را دنبال کرد و به درون فاضلاب‌ها رفت. موش متوجه شد که این لاکپشتها با ماده‌ای پوشیده شدند. آن قوطی حامل مواد شیمیایی شکست و مواد آن در حال پخش شدن بود.
این موش با اینکه اصلا دلیل کارش را نمی‌دانست، اما تلاش کرد تا این لاکپشتها را به نوعی از آن وضعیت نجات دهد اما با این کار، خودش هم با این مواد پوشیده شد. او صبح روز بعد بیدار شد و در کمال تعجب فهمید که آنها دو برابر شده‌اند؛ هم از نظر اندازه‌ای و هم از نظر هوشی. این چهار لاکپشت همه جا این موش را دنبال کردند اما اصلا از فاضلاب‌ها خارج نمی‌شدند. آنها فقط راه می‌رفتند و اصلا حرف نمی‌زدند. این موضوع تا زمانی ادامه داشت که در کمال تعجب، این موش متوجه شد که یکی از لاکپشتها کلمه‌ی «اسپلینتر» را بیان کرده است. همین موضوع باعث شد که از آن زمان به بعد نام اسپلینتر روی موش گذاشته شود. خیلی زود آنها شروع به صحبت با یکدیگر کردند.
از آنجایی که اسپلینتر می‌دانست که دنیای بیرون قادر به درک آنها نخواهد بود، تصمیم گرفت که خودش این لاکپشتها را تربیت کند. به همین دلیل، او هنر رزمی نینجیتسو را که خودش از استاد یوشی یاد گرفته بود، به آنها آموزش داد. اسپلینتر در همین دوران یک کتاب هنری قدیمی که مربوط به دوران رنسانس بود پیدا کرد. از داخل همین کتاب، او اسم این لاکپشتها را انتخاب و روی آنها گذاشت؛ نام‌هایی متشکل از لئوناردو، میکل‌آنژ یا مایکل آنجلو، داناتلو و رافائل.
اعضای گروه: الوپکس، اپریل اونیل، کیسی جونز، داناتلو، داناتلو آینده، لئوناردو آینده، مایکل آنجلو آینده، رافائل آینده، هاماتو یوشی، لارن سانتون، لئوناردو، استاد اسپلینتر، می پی چی، متال هد، مایکل آنجلو، نینجارا، رافائل، شدو و اسلش.
متحدان: Al-Fal Que'، آلفرد پنی ورث، الوپکس، انجل، اپریل اونیل، عزرائیل، باربارا گوردن، بتمن، بلک پاور رنجر، بلو پاور رنجر، بوک وورم، برن اوت، کیتلین فیر چایلد، کندی فاین، کیسی جونز، کتماندو، کرید، کادلی، دیمین وین، دیک گریسون، دردمان، فایر فلای، فری فال و غیره.
دشمنان: انیموس، ارماگون، بین، بکستر استاکمن، بیباپ، بلی بمب، بلاچ، کتماندو، کمیلین، چی یو، چین خان، داگ پاوند، فمین، فیش فیس، هارلی کوئین، جان بیشاپ، جوکر، کارای، کید ترا، کیتسون، کویا، کرنگ، مد هتر و غیره.
همانطور که در ابتدای متن هم به آن اشاره شد، این شخصیت‌ها توسط کوین ایستمن و همچنین پیتر لیرد ساخته شده‌اند. آنها برای اولین بار در قسمت اول سری کتاب کمیک Teenage Mutant Ninja Turtles که توسط کمپانی میراژ منتشر شده بود، حضور پیدا کردند. این شخصیت‌ها در ۹۰۶ کتاب کمیک حضور داشتند.
روبه‌رو شدن با شردر:
زمانی که این لاکپشتها به سن ۱۳ سالگی رسیدند و بعد از اینکه با یک باند خیابانی به نام « Purple Dragons» روبه‌رو شدند، اسپلینتر تصمیم گرفت که دوره‌ی آموزشی و آزمایشی آنها به پایان رسیده است. به همین دلیل داستان کامل گذشته‌ی آنها را برایشان شرح داد. اسپلینتر در این برهه زمانی دیگر پیر شده بود و فکر می‌کرد که زمان خیلی زیادی برای زندگی کردن برای او باقی نمانده است. به همین دلیل، به لاکپشتها درباره‌ی مرگ استاد خود گفت و از آنها خواست که با کشتن شردر، انتقام استاد یوشی را بگیرند.
در بین اعضای این تیم، رافائل انتخاب شد تا پیغامی را به شردر برساند. او به مقر اصلی قبیله‌ی Foot Clan نفوذ کرد و با بسیاری از نگهبان‌های نینجایی این پایگاه مبارزه کرد و آنها را شکست داد. رافائل بعد از اینکه به اندازه‌ی کافی، جاسوسی اوروکو ساکی را که در یک ساختمان دیگر قرار داشت کرد، یکی از سای‌های خود را از طریق پنجره به سمت او پرتاب کرد. به این سای، یک یادداشت چسبیده بود. این یادداشت شردر را به چالش کشید تا در مبارزه‌ای خطرناک شرکت کند. آنها قصد داشتند تا به این طریق، افتخار هاماتو یوشی را بازگردانند و او را سربلند کنند.
بعد از گذشت مدتی، لاکپشتها خود را به بالای سقف مکان دقیقی که روی یادداشت نوشته شده بود رساندند و منتظر دشمن خود شدند. از فاصله‌ی بسیار دوری ساکی که در قالب شخصیت شردر خود ظاهر شده بود، آنها را تماشا می‌کرد و با تعجب زیاد در این فکر بود که این چهار موجود مرموز دقیقا چه کسانی هستند. او همچنین به این موضوع فکر می‌کرد که چگونه بعد از گذشت این همه مدت، قتل یوشی دوباره به سراغ او آمده است و قصد اذیت او را دارد. ناگهان لاکپشتها توسط نینجاهای قبیله‌ی فوت احاطه شدند و خیلی زود، تمامی آنها به مبارزه با یکدیگر پرداختند. لاکپشتها در نهایت توانست در این نبرد که آسیب‌هایی را هم به دنبال داشت، این نینجاها را شکست دهند. همان موقع بود که شردر بالاخره تصمیم گرفت که با این لاکپشتها روبه‌رو شود. این چهار لاکپشت در ابتدا تلاش کردند تا به صورت جداگانه با شردر مبارزه کنند اما این جنگجوی زره‌پوش خیلی قوی‌تر از این حرف‌ها بود.
به همین دلیل، آنها تصمیم گرفتند که همگی با هم با او روبه‌رو شوند. نبرد آنها کمی طولانی شد، تا زمانی که لئوناردو موفق شد تا کاتانای خود را وارد سینه و شکم شردر کند. زمانی که شردر از درد زیاد روی زمین افتاده بود و خونریزی می‌کرد، به لاکپشتها گفت که کارش را تمام کنند اما لئوناردو نپذیرفت. او کاتانای خود را در اختیار شردر قرار داد و گفت که اگر خودش زندگی‌اش را به پایان برساند، می‌تواند افتخار سابقش را به دست بیاورد. ساکی این حرف را نپذیرفت و سعی در منفجر کردن یک بمب ترمیتی داشت؛ بمبی که می‌توانست جان هرکسی را که روی سقف بود، بگیرد. داناتلو خیلی زود از چوب مخصوص خود استفاده کرد و شردر را به همراه بمبش، به پایین انداخت. همزمان که شردر در حال سقوط بود، بمب منفجر شد و صاحبش را کشت. این چهار لاکپشت، بعد از اینکه ماموریت خود را با موفقیت به اتمام رساندند، به خانه بازگشتند.
ماجراجویی‌های بیشتر:
هنوز مدت زیادی از شکست دادن شردر نگذشته بود که استاد اسپلینتر با گزارش خبری یک دانشمند به نام «بکستر استاکمن» به مشکل خورد. این دانشمند اختراعی را به ثبت رسانده بود که امید داشت تا با استفاده از این اختراع، به مشکل موش‌های شهر نیویورک پایان بدهد؛ اختراعی به نام Mousers. در همین برهه زمانی، لاکپشتها متوجه شدند که یک زن جوان توسط همین Mousers مورد حمله قرار گرفته است به همین دلیل به سراغ او رفتند و او را نجات دادند.
آنها این زن را به مخفیگاه زیرزمینی خود بردند. این زن، خود را با نام «اپریل اونیل» معرفی کرد. او توضیح داد که تا مدتی پیش، دستیار آزمایشگاه استاکمن بود اما زمانی که متوجه شد هدف اصلی Mousers دزدیدن پول از بانک‌ها است، تصمیم گرفت که مقابل این تحقیقات بایستد. اپریل اونیل که با فهمیدن این حقیقت از استاکمن متنفر شده بود، تصمیم گرفت که از دست او فرار کند اما از آنجایی که استاکمن ربات‌های خود را به طرف اپریل فرستاده بود، او هم ناچار به سمت فاضلاب‌ها آمد. این چهار لاکپشت بعد از شنیدن این اتفاقات، تصمیم گرفتند تا به همراه این زن به آزمایشگاه استاکمن بازگردند و نقشه‌های شرورانه‌ی او را متوقف کنند. در همین حین، آنها مورد حمله‌ی این ربات‌ها قرار گرفتند اما داناتلو و همچنین اپریل موقف به شکست آنها شدند.
لاکپشتها به همراه اپریل از راه‌های فاضلابی خارج شدند. زمان خروج از آنجا، اپریل شماره تلفن خود را به آنها داد تا هر زمان که لاکپشتها به کمک او نیاز داشتند، با او تماس بگیرند. زمانی که لاکپشتها به خانه بازگشتند، متوجه شدند که خانه‌شان نابود شده است. علاوه بر این، آنها اصلا نتوانستند استاد اسپلینتر را پیدا کنند. لاکپشتها از آنجایی که می‌دانستند نیروهای پلیس و خدماتی خیلی زود به آنجا می‌آیند و آسیب‌هایی را که ربات‌ها به وجود آورده بودند تعمیر می‌کنند، خیلی زود به سطح شهر رفتند، یک تلفن پیدا کردند و بعد از تماس با اپریل، قرار ملاقاتی را با او تنظیم کردند.
اپریل آنها را در ون خود ملاقات کرد و به آنها گفته که می‌توانند به همراه او در آن ون بمانند. با این حال وضعیت آرام آنها خیلی طولانی نشد. جالب است بدانید که درست بیست دقیقه پیش از آن لحظه، یک سرقت مسلحانه صورت گرفته بود و مشخصات ون سارقان، با ونی که اپریل و لاکپشتها در آن بودند، تطابق داشت. همین موضوع باعث شد که آنها خیلی زود به دردسر بیفتند. لاکپشتها که اصلا دوست نداشتند توسط نیروهای پلیس دستگیر شوند (زیرا از کشف و افشا شدن در ملاء عام می‌ترسیدند)، به همین دلیل تصمیم گرفتند که پلیس‌ها را وارد یک تعقیب و گریز کنند. این موضوع تا زمانی ادامه داشت که در نهایت آنها توانستند پلیس‌ها را به سارقان واقعی برسانند.
بعد از اینکه آنها مدتی را با اپریل گذراندند، رافائل متوجه شد که ادامه دادن بدون استادشان به طرز عجیبی سخت است. طولی نکشید که مشاجره‌ی غیرقابل کنترلی بین رافائل و برادرش مایکل آنجلو آغاز شد؛ مشاجره‌ای که در آن، رافائل یک آچار فرانسه‌ی بزرگ به سمت برادرش پرتاب کرد. بعد از گذشت مدتی، در نهایت بقیه برادران توانستند این لاکپشت خشمگین را متوقف کنند. رافائل که به‌شدت از این اتفاق عصبانی بود، از ساختمان بیرون زد زیرا مدام به این موضوع فکر می‌کرد که امکان داشت بهترین دوستش را به قتل برساند. همچنین رافائل از اینکه نمی‌توانست خشم خود را کنترل کند، به گریه و زاری افتاده بود.
رافائل زمانی که بیرون از ساختمان بود، صدای یک سرقت خیابانی را از درون یک کوچه‌ی تاریک شنید. با این حال، زمانی که خود را به آنجا رساند، متوجه شد یک انسانی که ماسک هاکی به صورتش زده، در حال متوقف کردن این ماجرا است. این لاکپشت خیلی زود متوجه شد این مرد که خودش را با نام «کیسی جونز» معرفی کرده بود، نمی‌توانست این سارقان را شکست دهد و آنها در واقع می‌توانستند او را بکشند. به همین دلیل، رافائل به سمت آنها رفت و این مبارزه را خاتمه داد اما در عوض، مورد حمله‌ی خود کیسی قرار گرفت. زمانی که کیسی، رافائل را به زمین زد، خیلی زود از آنجا فرار کرد. رافائل به این نتیجه رسید که نمی‌تواند اجازه دهد که این پارتیزان فرار کند. به همین دلیل او را تعقیب کرد تا به یک پارک رسید. در آنجا، آنها دوباره مشغول مبارزه شدند. این بار رافائل، کیسی را کتک زد. بعد از اینکه این لاکپشت درباره‌ی روش‌های خشونت آمیز برای فرد مقابلش سخنرانی کرد، کیسی گفت که فکر نمی‌کند رافائل آنقدر هم با او تفاوتی داشته باشد. در مقابل این حرف، رافائل اعلام کرد که حداقل تلاش می‌کند تا خودش را کنترل کند. در همان لحظه، آنها سر و صدای یک سرقت خیابانی دیگر و همچنین کمک خواستن یک انسان را شنیدند به همین دلیل تصمیم گرفتند که با هم، آن جنایتکار را متوقف کنند.
لاکپشتها در فضا:
لاکپشتها در حالی که همچنان به دنبال استاد گمشده‌ی خود می‌گشتند، با ساختمانی برخورد کردند که آرم T.C.R.I. روی آن چسبانده شده بود؛ همان مخففی که روی قوطی‌ای که آنها را جهش یافته کرد، نوشته شده بود. این لاکپشتها که بعد از دیدن این نشانه قصد داشتند تا نسخه‌ی کامل داستان منشاء و گذشته‌ی خود را متوجه شوند، به درون این ساختمان نفوذ کردند. در طی جستجو، متوجه شدند که تمامی طبقات شبیه به هم هستند. همین موضوع آنها را به‌شدت گیج کرد. در همین حین، آنها یک کلید کارتی پیدا کردند و با استفاده از آن توانستند وارد اتاقی که در آن قفل بود، بشوند. در کمال تعجب، درون این اتاق لوله‌ی بزرگی را دیدند که با مایع خاصی پر شده بود و استاد اسپلینتر درون آن معلق بود.
سه تن از این لاکپشتها با دیدن این صحنه به‌شدت عصبانی شدند و به سمت لوله رفتند تا آن را بشکنند زیرا فکر می‌کردند که جسد استاد آنها در آن لوله قرار دارد. اما داناتلو آنها متوقف کرد و برای آنها توضیح داد که اسپلینتر زنده است و در حالت زیست تعویقی قرار دارد. همچنین او گفت که ماشین‌آلاتی که در اطرافشان قرار دارد، علائم و عملکردهای حیاتی او را تحت کنترل دارد. ناگهان، چند موجود مغز مانند سراغ لاکپشتها آمدند. لاکپشتها عقب‌نشینی کردند و داخل یک اتاق دیگر رفتند که یک ماشین غول پیکر وجود داشت؛ ماشین غول پیکری که این موجودات بیگانه اصلا قصد نداشتند که خود را در معرض آن قرار دهد. متاسفانه صفحه کنترلی این ماشین غول پیکر آسیب دید به همین دلیل لاکپشتها دورنوردی و تله پورت کردند و به جای دیگری رفتند. لاکپشتها بعد از تله پورت کردن روی سیاره‌ای به نام D'hoonib و میان یک نبرد فرود آمدند.
آنها به کمک دانشمند برجسته‌ای به نام «پروفسور هانی کات» که ذهن او درون بدن یک اندروید گیر افتاده بود، رفتند. او توسط سربازان فدراسیون دستگیر شده بود. اعضای فدراسیون از او خواسته بودند تا یک دستگاه خاصی را که مد نظر آنها بود، بسازد؛ دستگاهی که آنها امیدوار بودند تا با کمک آن بتوانند جاه‌طلبی‌های نظامی خود را ارتقاء دهند. آنها متوجه شدند که شاید این « Fugitoid» راه بسیار خوبی برای بازگشتشان به خانه باشد. به همین دلیل تصمیم گرفتند که در کنار این پروفسور بمانند. لاکپشتها به همراه دوست جدید خود به یک مکان بیگانه رفتند تا با تلاش‌های بسیار، راه خروج خود را از آن سیاره پیدا کنند. اما طولی نکشید که آن رستوران مورد حمله‌ی سربازان یک نژاد بیگانه به نام Triceratons قرار گرفت؛ سربازانی که هانی کات را ربودند. لاکپشتها یک ماشین هوایی دزدیدند تا بتوانند Triceratons را تعقیب کنند. در نهایت آنها به جایی رسیدند که تصور می‌کردند پایگاه این سربازان باشد اما در کمال تعجب متوجه شدند که آنجا یک سفینه‌ی فضایی است؛ سفینه‌ای که در راه رفتن به Triceraton Homeworlds بود.
Triceratons خیلی زود لاکپشتها را که به صورت قاچاقی در سفینه‌ی آنها حضور داشتند و به خاطر کمبود اکسیژن در حال بیهوش شدن بودند، پیدا کردند. این سربازان با دستگاه‌های تنفسی لاکپشتها را مجهز کردند تا آنها بتوانند در اتمسفر Triceratons زنده بمانند. بعد از این کار، سریع آنها را زندانی کردند. آنها امیدوار بودند که بتوانند از این لاکپشتها به عنوان یک برگ برنده برای مجبور کردن هانی کات در جهت ساخت آن دستگاه خاص، استفاده کنند. زمانی هانی کات متوجه شد که این سربازان و همچنین رهبر اصلی آنها که « Zanramon» نام داشت، درست به اندازه‌ی اعضای فدراسیون شرور و پست هستند، قسم خورد که هرگز آن دستگاه را برایشان نخواهد ساخت؛ حتی اگر این تصمیم به قیمت مرگ دوستانش تمام شود.
هانی کات به خاطر این تصمیمی که گرفته بود، مجبور شد تا ورود دوستان لاکپشتی خود به میدان نبرد و همچنین مبارزه‌ی آنها را با تیم Triceraton All Star تماشا کند. این لاکپشتها خیلی زود توانستند دشمنان خود را شکست دهند. بعد از این نبرد، آنها دوست اندرویدی خود رفتند و علاوه بر اینکه او را با خود همراه کردند، رهبر این نژاد یعنی همان Zanramon را هم گروگان خود گرفتند. لاکپشتها و هانی کات تلاش کردند که از میدان مسابقه فرار کنند اما زانرامون در طی یک جریان تیراندازی کشته شد. درست زمانی که همه چیز در حال به هم ریختن بود و تقریبا افتضاح به نظر می‌رسید، لاکپشتها، هانی کات و همچنین چندین تن از سربازان Triceratons در نور سفیدی غرق شدند و به وسیله‌ی تله پورت به جای دیگری رفتند.
این گروه متوجه شدند که دوباره روی زمین و به ساختمان TCRI برگشته‌اند. بعد از یک مبارزه‌ی کوتاه و تیراندازی، Triceratons دوباره به همان سرزمین خود تله پورت شدند. این اتفاق باعث شد که دوباره لاکپشتها با بیگانه‌های مرموز TCRI تنها شوند. وضعیت بسیار بدی که به وجود آمده بود، با ورود استاد اسپلینتر به اتاق، شکسته شد. اسپلینتر توضیح داد، زمانی که لاکپشتها به سراغ آزمایشگاه استاکمن رفته بودند، مخفیگاه زیرزمینی آنها مورد حمله‌ی ربات‌ها قرار گرفته بود. استاد که قصد داشت دوباره به تونل‌های فاضلاب بازگردد، از آنجایی که تا حد زیادی آسیب دیده بود، خیلی زود بیهوش شد اما طولی نکشید که توسط یکی از اعضای سازمان TCRI پیدا و به درون ساختمان برده شد تا آسیب‌های او مداوا شود. این بیگانه‌ها که خودشان را با نام « Utroms» معرفی کرده بودند، توضیح دادند ۲۵ سال پیش، سفینه‌ی فضایی آنها روی زمین فرود آمده بود.
از آنجایی که سفینه‌ی آنها اصلا قابل تعمیر نبود، این بیگانه‌ها تصمیم گرفتند که با انسان‌ها ترکیب شوند. به همین دلیل آنها لباس مخصوصی را برای خود ساختند تا بتوانند به وسیله‌ی آنها زندگی کنند. آنها خیلی زود دنبال کار گشتند و کم کم آنقدری پول درآوردند که توانستند یک ساختمان بخرند. بعد از گذشت مدتی، آنها این ساختمان را تبدیل به موسسه تحقیقاتی تکنو کیهانی کردند. آنها در این ساختمان یک دستگاه خاص مخصوص تله پورت ساختند تا بتوانند به وسیله‌ی آن به خانه بازگردند. یکی از محصولات جانبی‌ای که از آزمایش‌های آنها با آن دستگاه تله پورتی حاصل شد، همان ماده‌ی جهش‌زا بود؛ ماده‌ای که ۱۳ سال پیش در طی یک تصادف جاده‌ای به بیرون درز پیدا کرد و باعث شد که لاکپشتها و استاد اسپلینتر جهش پیدا کنند.
در همان لحظه، Utroms توضیح دادند که انرژی‌ای که این دستگاه تله پورتی از خود ساطع می‌کند، باعث شد که نظر انسان‌ها به ساختمان TCRI جلب شود و فعالیت‌های این ساختمان را مورد بررسی قرار دهند. به همین دلیل، درست از همان برهه زمانی گارد ملی در تلاش است تا به زور راه خود را به درون این ساختمان باز کند. بعد از اتمام این گفتگو، Utroms تنظیمات خود تخریبی را برای این دستگاه فعال کردند و برنامه‌ای برای او ترتیب دادند که آنها را به سیاره‌ی خود ببرد. آنها به هانی کات پیشنهاد دادند که همراه آنها بیاید؛ پیشنهادی که هانی کات بلافاصله آن را پذیرفت. به همین ترتیب، آنها به وسیله‌ی آن دستگاه تله پورت کردند و ساختمان خیلی زود از داخل منفجر شد.
هر عمل، عکس‌العملی دارد:
در شب کریسمس، لئوناردو از خانه خارج شد تا تمرین‌های خود را انجام دهد و روی سقف خانه‌های سطح شهر بدود. در همین حین، او مورد حمله‌ی ارتش واقعی متشکل از سربازان قبیله فوت قرار گرفت. این مبارزه ساعت‌ها به طول انجامید. این لاکپشت تا جایی که می‌توانست با حریفان خود مبارزه می‌کرد اما زمانی که چهره‌ی یک دشمن آشنا به چشمش خورد، تمرکز خود را از دست داد و شوکه شد. از طرف دیگر، بقیه لاکپشتها که در خانه‌ی اپریل حضور داشتند، وقتی فهمیدند که برادرشان مدت زیادی است که از خانه خارج شده و هنوز بازنگشته، نگران او شدند. به همین دلیل تصمیم گرفتند که به دنبال او بروند. در همین لحظه بود که لئورناردو به طرز بدی با پنجره برخورد کرد و داخل خانه افتاد. لئوناردو که تا حد زیادی مورد ضرب و شتم قرار گرفته بود و به زور حالت هوشیاری خود را حفظ می‌کرد، به سختی به آنها گفت: «او برگشته.... شردر...».
اعضای قبیله‌ی فوت به سمت آپارتمان اپریل اونیل حمله‌ور شدند و به زور راه خود را به درون آن باز کردند. مبارزه‌ی بسیار شدیدی بین آنها صورت گرفت به طوری که لاکپشتها، اپریل و اسپلینتر در تلاش بودند تا راهی برای فرار از آن ساختمان پیدا کنند. در نهایت آنها توانستند راه خود را به سمت مغازه‌ای که در پایین ساختمان قرار داشت، پیدا کنند. زمانی که این گروه چراغ این مغازه را روشن کردند، دیگر اعضای ارتش سربازان فوت و همچنین شردر را در مقابل خود دیدند. باری دیگر مبارزه‌ای شدیدی و خشنی بین آنها صورت گرفت اما در همین لحظه، دوست رافائل یعنی کیسی جونز وارد جریان شد. او آمده بود تا به دوستان لاکپشتی خود کمک کند. در طی این جریان، سر و صداهایی ایجاد شد که توجه نیروهای پلیس را به خود جلب کرد. زمانی که شردر صدای آژیر ماشین‌های پلیس را شنید، به سربازان خود دستور داد که پراکنده شوند اما به دشمنان خود گفت که «این نبرد، با پایان خود خیلی فاصله دارد». آنها خیلی زود به خودشان آمدند و متوجه شدند که باید فرار کنند. به همین دلیل اپریل داخل ماشین کیسی که یک U-Haul بود، سوار شد. پشت این ماشین که یک تریلر به آن متصل شده بود، لئوناردوی به‌شدت آسیب دیده، دیگر لاکپشتها و همچنین اسپلینتر درون آن نشستند. آنها به سمت نورث‌همپتون رفتند تا از دست پلیس فرار کنند.
نورث‌همپتون:
اعضای این گروه بعد از اینکه به نورث‌همپتون رسیدند، در یک خانه‌ی روستایی خرابه ساکن شدند؛ خانه‌ای که به مادر بزرگ کیسی تعلق داشت. اپریل زندگی کردن در آن مزرعه را کار بسیار سختی می‌دانست. او افسرده شده بود و به خاطر کابوس‌های مداومی که می‌دید، زجر می‌کشید. او یک دفتر خاطره داشت و درون آن هر چیزی را که می‌دید و ماجراجویی‌هایی را که تجربه می‌کرد (مثل اینکه چطور اعضای خانواده‌ی جدیدش با شرایط زندگی جدید و همچنین اولین شکستی که در زندگیشان متحمل شدند، کار می‌آیند)، می‌نوشت.
با اینکه با گذر زمان لئوناردو از لحاظ جسمی بهبود پیدا کرده بود، اما اعتماد او نسبت به خودش خرد و از بین رفته بود. هر روز او به جنگل می‌رفت و حیوانات محلی آنجا را شکار می‌کرد. از طرف دیگر، داناتلو تلاش می‌کرد تا بخش‌های زیادی از خانه‌ای را که در آن ساکن بودند، تعمیر کند و نسبت به این کار وسواس زیادی پیدا کرده بود. او یک آسیاب بادی و همچنین چرخ آبگردی را که در آنجا بود، تعمیر کرد تا به این طریق بتواند جریان برق را برای آنجا فراهم کند. او همچنین یک اجاق چوبی برای خانه درست کرد تا گرمای خانه تامین شود. در کنار تمام این موارد، بزرگترین پروژه‌ی داناتلو در آنجا این بود تا کاری کند که آبگرمکن آنجا راه بیفتد. با اینکه بعد از شکست خوردن شردر، آنها لحظات بسیار سختی را پشت سر گذاشتند اما بعد از گذشت مدتی، بالاخره لحظات خوب و شادی را هم به چشم دیدند. به طور مثال، زمانی که داناتلو توانست بعد از تلاش بسیار آبگرمکن خانه را راه بیاندازد، تمام اعضای گروه تا حد زیادی خوشحال شدند. اپریل زمانی که او را با یک ماشین تایپ دید، بسیار تعجب کرد و مدام این فکر در سرش بود که او چه چیزی می‌خواهد با آن ماشین تایپ بنویسد.
بیشتر از هر کسی، این مایکل آنجلو بود که اپریل را نگران می‌کرد. زمانی بود که مایکل آنجلو لحظه‌ای از خندیدن و جوک گفتن درباره‌ی هر چیز کوچکی دست بر نمی‌داشت اما حالا به گونه‌ای شده بود که دیگر به سختی می‌خندید آن هم در برخی موارد استثناء که با کیسی و راف همراه بود. او بیشتر وقت خود را تنها و در طویله می‌گذراند؛ جایی که او تمام خستگی و سرخوردگی‌هایش را بر سر یک کیسه‌ی بوکس خالی می‌کرد. اپریل دفعات خیلی زیادی شاهد ضربه‌های بسیار محکمی بود که مایکل آنجلو به اطراف این کیسه‌ی بوکس وارد می‌کرد.
جالب است بدانید که رفتارهای رافائل، اپریل را می‌ترساند. اپریل تمام مدت شاهد این بود که رفتارهای او بی‌ثبات و غیرقابل پیشبینی است. او اولین نفری محسوب می‌شد که صبح‌ها از رختخواب بیرون می‌آمد و آخرین نفری بود که شب‌ها به رختخواب می‌رفت. در طی ساعات روز، او اکثر وقت خود را با کیسی و تعمیر کردن یک کامیون قدیمی می‌گذراند. البته آنها برخی اوقات هم با هم شوخی می‌کردند و اوقات خوشی را با هم می‌ساختند. در طی ساعات شب، او بیشتر وقت خود را تنها و روی سقف طویله می‌گذراند؛ در حالی مواظب همه چیز بود و نگهبانی می‌داد.
یک روز، زمانی که اپریل در حال قدم زدم روی دریاچه بود، یخ‌های روی آن شکافته شد و او به داخل آب بسیار سرد و یخی که زیر پایش قرار داشت، افتاد. در آن زمان، لئوناردو در حال بازگشتن از جنگل و شکار خود به سمت مزرعه بود که افتادن اپریل را دید. او از کاتانا و لباس خود استفاده کرد تا یک وسیله‌ی نجات درست کند. لئو به وسیله‌ی همان کاتانا و لباس توانست اپریل را از درون آب یخ بیرون بکشد و به خانه ببرد. در حالی که لاکپشتها و کیسی در طی دوران بهبود اپریل مراقب و مواظب او بودند، اسپلینتر به آنها گفت که روحیه اعضای تیم خیلی وقت است که از بین رفته به همین دلیل تصمیم دارد که آنها را دوباره به همان شرایط قبل بازگرداند. به این ترتیب، اسپلینتر کاری کرد که آنها دوباره آموزش ببینند و تمرین کنند.
یک ماه بعد از اینکه اپریل درون دریاچه‌ی یخ‌زده افتاد، درون دفترچه‌ی خود مطالب شادتری را نوشت و در آن عبارت «زندگی خوب است.... زندگی ادامه دارد» را اضافه کرد. در این برهه زمانی، وقتی که لاکپشتها و اسپلینتر دور یک آتش نشسته بودند، این موش به پسران خود تبریک گفت که تا این حد پیشرفت کرده‌اند. او تلاش کرد تا خاطر ناآرام آنها را تسلی دهد و دغدغه‌ی فکری آنها را نسبت به اپریل از بین ببرد. اسپلینتر اعلام کرد که اپریل نسبت به چیزهایی که از دست داده، چیزهای بیشتری را به‌دست آورده و فکر می‌کند که خودش تا به این لحظه متوجه این موضوع شده است. صبح روز بعد از این صحبت‌ها، لاکپشتها با حس بسیار خوبی، صبحانه‌ای را برای اپریل آماده کردند.
آغاز داستان قهرمانان ما:
زمانی که یک سفینه‌ی فضایی بیگانه در سیاره زمین و پارک مرکزی سقوط کرد، گروه لاکپشت‌های نینجای نوجوان جهش یافته با یک بیگانه که یک شیء بسیار قدرتمند در دست داشت، روبه‌رو شدند. بعد از اینکه این موجود بیگانه مرد، این چهار لاکپشت کنترل این شیء قدرتمند را که « The Eye of Sarnath» نام داشت، در اختیار گرفتند. از طرف دیگر، سقوط این سفینه‌ی فضایی توجه شردر و همچنین متحد بیگانه‌ی او یعنی «کرنگ» را هم به خود جلب کرده بود. زمانی که شردر از اصل ماجرا خبردار شد، به همراه همان متحد بیگانه، ربات‌های سرباز قبیله‌ی فوت، بکستر استاکمن و دو تن از قاتلان جهش یافته به نام «بیباپ» و «راک استدی» به دنبال گروه لاکپشت‌های نینجا رفتند تا آنها را شکست دهند و The Eye of Sarnath را تحت کنترل خودشان بگیرند.
در نهایت، شردر توانست این چشم را تحت کنترل خود بگیرد. او با استفاده از این شیء، لاکپشتها را کوچک کرد اما اسپلینتر و اپریل توانستند آنها را آزاد کنند و به حالت و اندازه اصلی‌شان در بیاورند. در نتیجه‌ی این مبارزه، Eye of Sarnath به داخل کانال‌های فاضلاب افتاد و برای همیشه گم شد.
با اینکه شردر ناامید و مستاصل شده بود، اما باز هم به دنبال Eye of Sarnath می‌گشت تا آن را به‌دست بیاورد. او از یک زیردریایی استفاده کرد تا محدوده‌هایی را که کانال‌های فاضلاب در آنجا به پایان می‌رسد، جستجو کند؛ نقاطی مانند اقیانوس اطلس و همچنین رودخانه‌ی هادسون. جالب است بدانید که در این برهه زمانی، موتاژن راه خود را به درون کانال‌های فاضلابی پیدا کرده بود. این موتاژن‌ها درنهایت دانشمندی رسید که متوجه وجود جهش‌ها و تغییر شکل‌ها شده بود. او تصمیم گرفته بود تا آن محدوده را برای پیدا کردن این جهش یافته‌ها بررسی کند اما در نهایت به جایی رسید که با موتاژن‌ها برخورد کرد. این دانشمند بعد از برخورد با این موتاژن‌ها تغییر پیدا کرد و در نهایت تبدیل به موجودی به نام «من-ری» شد. بعد از این اتفاق، نبردی بین من-ری و همچنین شردر صورت گرفت که در نهایت من-ری توانست پیروز این میدان باشد. او شردر را به سطح زمین و مقابل لاکپشت‌های نینجا برد. لاکپشتها با دیدن من-ری نمی‌دانستند که چه کاری باید با این متحد جدید خود انجام دهند. بعد از این اتفاق و زمانی که من-ری باری دیگر به دریا بازگشت، لاکپشت‌های نینجا متوجه شدند که شردر فرار کرده است.
شردر احساس می‌کرد که بیباپ و راک استدی خیلی بی‌عرضه هستند به همین دلیل به این فکر می‌کرد که دوز بیشتری از موتاژن به آنها تزریق کند اما طولی نکشید که به طور اتفاقی، با فردی به نام «جس هارلی» برخورد کرد؛ مردی که توسط نگهبان ترن استون یعنی «مری بونز» تبدیل به مرد تمساحی‌ای به نام « Leatherhead» شده بود. شردر از همین فرصت و اتفاقات غم‌انگیزی که این مرد تمساحی در زندگی‌اش پشت سر گذاشته بود استفاده کرد. او به این مرد تمساحی گفت که لاکپشت‌های نینجا برای مری بونز کار می‌کنند و کاری کرد تا او باور کند که شردر راه درمانش را می‌داند. بعد از این ماجرا، Leatherhead، بیباپ و راک استدی به لاکپشتها حمله کردند. آنها در حال پیروز شدن بودند اما طولی نکشید که ترس شردر نسبت به عدم وجود توانایی‌های معمولی و عادی در بیباپ و راک استدی ثابت شد.
در همین حین بود که Leatherhead متوجه شد که از او سوءاستفاده شده است به همین دلیل به‌شدت خشمگین شد. خیلی زود، پلی که آنها روی آن در حال مبارزه کردن بودند از هم پاشید به همین دلیل لاکپشت‌های نینجا دیگر نمی‌توانستند Leatherhead را نجات دهند یا بیباپ و راک استدی را که در سمت مخالف پل نابود شده قرار داشتند، دستگیر کنند. خود لاکپشتها با یک موجود غول پیکر و عجیب که سری به شکل گاو داشت، روبه‌رو شدند. این موجود که « Cudley The Cowlick» نام داشت، این چهار لاکپشت را به داخل دهان خود کشید و آنها را به بعد ایکس برد. او قصد داشت تا این چهار لاکپشت را مجبور کند تا در یک مسابقه کشتی بین کهکشانی در Stump Asteroid شرکت کنند. بعد از اینکه آنها به مقصد رسیدند، متوجه شدند که کادلی علاوه بر خودشان، Leatherhead را هم نجات داده است و این موضوع خیلی آنها را خوشحال کرد. طولی نکشید که این چهار موجود زمینی مجبور شدند تا لباس‌های جدید و مخصوصی را بر تن کنند و برای سرگرم کردن مردم Dimension X به مبارزه بپردازند.
در حالی که لاکپشتها مشغول مبارزه با « Cryin' Houn'» بودند، از طرف دیگر Leatherhead هم با «ایس داک» مبارزه می‌کرد. در نهایت، هم لاکپشتها و هم Leatherhead پیروز این میادین شدند اما آنها نمی‌گذاشتند که این مبارزان به سیاره زمین بازگردند. اما در نهایت آنها بعد از پس گرفتن سلاح‌های مخصوص خود، توانستند مقدمات بازگشت به زمین را فراهم کنند. با این حال، در آخرین لحظه Leatherhead اعلام کرد که دوست دارد در آن سرزمین بماند زیرا اعتقاد داشت که در سیاره زمین، او یک فرد عجیب و غریب محسوب می‌شود اما در آن سرزمین، همه او را به عنوان یک قهرمان می‌شناسند. لاکپشتها هم بعد از شنیدن این حرف به تصمیم دوست جدیدشان احترام گذاشتند و بدون او به زمین بازگشتند.
زمانی که لاکپشتها به زمین بازگشتند، در کمال تعجب متوجه شدند که تقریبا نیمی از شهر نیویورک زیر زمین رفته است. آنها از کادلی پرسیدند که دقیقا در طی مدت زمانی که آنها نبودند، چه اتفاقی رخ داده است. کادلی به سرعت از آنها معذرت خواهی کرد و گفت که به طور تصادفی، آنها را به یک آینده جایگزین آورده است. به همین دلیل او دوباره آنها را به سمت دهان خود کشید و به خط زمانی مناسبی منتقلشان کرد.
بعد از گذشت مدتی که آنها به زمین بازگشته بودند، سنگی به سر رافائل برخورد کرد. درست بعد از اصابت این سنگ، آنها صدای خنده‌ی فردی به نام «وینگ نات» را شنیدند؛ یک خفاش بیگانه که به بُعد ایکس تعلق داشت. علاوه بر خود وینگ نات، دوست او یعنی «اسکرو لوز» هم به زمین آمده بود. لاکپشتها برای مدت کوتاهی با وینگ نات و اسکرو لوز به مبارزه پرداختند و خیلی زود پیروزی را از آن خود کردند. بعد از این مبارزه، آنها متوجه شدند که این دو بیگانه در واقع دشمنان Krang و متحدان او هستند. با این حال، پیش از اینکه لاکپشتها بتوانند جای خوابی را در مخفیگاه زیرزمینی‌شان به آنها پیشنهاد بدهند، کادلی سر رسید و این دو بیگانه را با خود به Stump Asteroid برد.
بعد از این ماجراها، لاکپشت‌های مبارزه‌های زیادی را پشت سر گذاشتند که می‌توان گفت تاثیر آنچنان زیادی روی داستان اصلی این مجموعه و همچنین دشمنی‌ای که بین آنها و قبیله‌ی فوت، «اسکام باگ»، « Wyrm»، «کد نِیم»، « Chameleon» و « The Rat King» وجود داشت، نگذاشت. با این حال، آنها خیلی زود دوباره توسط بیگانه‌ها ربوده شدند. اما این بار دیگر کادلی خوش قلب و دوست داشتنی آنها ندزدیده بود بلکه متحدان جدید قبیله‌ی فوت یعنی The Sons of Silence آنها را دزدیده بودند. خوشبختانه خیلی زود جادوگر مرداب یعنی مری بونز سر رسید و توانست لاکپشت‌های نینجا را از دست این بیگانه‌ها نجات دهد. مری بونز بعد از نشان دادن چهره‌ی واقعی‌اش، اعلام کرد که نام اصلی او « Cherubae» است. او همچنین در ادامه توضیخ داد که اعضای قبیله‌ی فوت و همچنین بیگانه‌های Sons of Silence نباید کنترل ترن استون را در دست بگیرند. به همین خاطر، مری بونز باری دیگر لاکپشتها را با Leatherhead، وینگ نات و اسکرو لوز متحد کرد. طولی نکشید که موجودی به نام «ترپ» هم به آنها پیوست؛ کشتی‌گیری که در مسابقات کشتی بین کهکشانی شرکت می‌کرد و تنها یک حضور خیلی کوتاه، در برهه زمانی‌ای که لاکپشتها در Stump Asteroid حضور داشتند، داشت.
حالا که لاکپشت‌های نینجا و مری بونز متحدان خود را انتخاب کرده بودند، به نظر می‌رسید که Krang دقیقا قصد انجام همین کار را دارد. به همین دلیل او به سمت فردی به نام «مالیگنا» که یک جنگ سالار قدرتمند محسوب می‌شد، رفت. کرنگ به خوبی می‌دانست که مالیگنا یک ارتش بسیار قدرتمند را در اختیار خود دارد. در یک طرف این نبرد، سربازان و جنگجویان مالیگنا به نام مالیگنویدز، سربازان قبیله‌ی فوت و همچنین اعضای ارتش Sons of Silence قرار داشتند و در طرف دیگر، لاکپشت‌های نینجا، چروبه و کشتی‌گیران مسابقه کشتی بین کهکشانی با هم متحد شده بودند. مبارزه‌ی آنها که خیلی زود در تلویزیون به نمایش در آمد، عنوان «The Final Conflict» را از آن خود کرده بود. در پایان این نبرد بزرگ، لاکپشت‌های نینجا و متحدان آنها توانستند پیروزی را از آنِ خود کنند. بعد از این مبارزه، کرنگ به یک زندان در بُعد ایکس که در واقع یک سرزمین نابود شده به حساب می‌آمد و محلی برای زباله‌های سمی بود، منتقل شد؛ راک استدی و بیباپ به یک سیاره‌ی بسیار ابتدایی اما صلح‌آمیز منتقل شدند؛ لباس مبارزه‌ای مخصوصی که شردر داشت از او گرفته شد و به یک زندان به‌شدت امنیتی که روی سیاره زمین قرار داشت، فرستاده شد. با این حال، با اینکه این پیروزی برای تمام افرادی که پیروز شدند، حس شیرینی داشت، اما برای Leatherhead اینگونه نبود. زیرا چروبه آنطور که گفته بود، او را به شکل اصلی و انسانی خود باز نگرداند.
بازگشت به زمین:
لاکپشت‌های نینجا به واسطه‌ی کادلی به آمریکای جنوبی منتقل شدند و در آنجا به شخصیتی به نام «جگوار» برخورد کردند؛ یک موجود شبیه به پلنگ وحشی که از یک مادر انسانی و با روحی جگواری به دنیا آمده بود. لاکپشت‌های نینجا بعد از برخورد با این متحد جدید، خیلی زود با یکدیگر دوست شدند. آنها با کمک یکدیگر توانستند عملیات غیرقانونی برش و سوزاندن درخت‌های جنگل‌های انبوه و بزرگ را از بین ببرند. آنها در همین میان توانستند اپریل اونیل را هم پیدا کنند. او که زودتر به وجود چنین عملیات غیرقانونی‌ای پی برده بود، در تلاش بود تا به صورت مخفیانه فعالیت‌های این مجرمان را گزارش دهد اما خیلی زود توسط مجرمانی که زیر نظر «کید ترا» رهبری می‌شدند، پیدا شد. کید ترا یکی از نوچه‌های خوب و دوست داشتنی «مستر نال» محسوب می‌شد. اعضای گروه لاکپشتها در طی ماجراجویی‌های خود با جگوار با موجود دیگری به نام «دِرِد مان» هم برخورد کردند؛ فردی که زمانی یک انسان محسوب می‌شد و حالا تبدیل به یک موجود شبیه به گرگ فوق‌العاده سریع شده بود. آنها، یعنی لاکپشت‌های نینجا، اپریل، جگوار و همچنین درد مان با کمک یکدیگر توانستند به عملیات غیرقانونی قطع درختان نال، پایان بدهند. زمانی که کید ترا این گزارش را برای کارفرمایش برد، مستر نال اصلا خوشحال نشد و به ترا دستور داد که آنجا را ترک و بر فعالیت‌هایی که در اقیانوس آرام انجام می‌دادند، نظارت کند.
لاکپشت‌های نینجا خیلی زود آمریکای جنوبی را ترک کردند و باری دیگر با من-ری متحد شدند. لاکپشتها به همراه ی فیلت (همان من-ری)، کنترل عملیات دیگر مستر نال را که در اقیانوس آرام در حال انجام بود، در دست گرفتند. آنها قصد داشتند تا با انجام این کار، از یک نژاد حساس موجودات آبزی که «Glublubs» نام داشتند، محافظت کنند. با اینکه لاکپشتها در این عملیات هم به موفقیت رسیدند اما یکی از این موجودات حساس و آبزی به خاطر یکی از گلوله‌های منحرف شده‌ی کید ترا که به سمت من-ری شلیک شده بود، جان خود را از دست داد. با این حال، ماجراجویی‌های من-ری و لاکپشتها در اینجا به پایان نرسید و برای مدت کوتاهی ادامه داشت. در ادامه این ماجراجویی‌ها، قهرمانان داستان ما یک شکارچی غیرقانونی به نام «Cap'n Mossback» را شکست دادند.
بازگشت به نیویورک:
بعد از اینکه لاکپشتها به منهتن بازگشتند، به همراه اپریل با خبر شدند که در یک انبار خاص (در گذشته به شردر تعلق داشت و در آن فعالیت‌هایی صورت می‌گرفت)، فعالیت‌هایی در حال انجام است. لاکپشتها تصمیم گرفتند که در این باره تحقیق کنند اما یک گروه موسیقی هوی متال را پیدا کردند. آنها از این انبار متروکه برای تمرین‌های موسیقی خود استفاده می‌کردند. اعضای این باند موسیقی به طور اتفاقی و تصادفی ربات‌های سرباز خاموش قبیله‌ی فوت را «بیدار کردند». این ربات‌ها به سمت خواننده‌ی اصلی گروه یعنی «ماندو» و همچنین حیوان خانگی او به نام «گکو» حمله‌ور شدند و به آنها مقدار زیادی از موتاژن‌ها را تزریق کردند. همین موضوع باعث شد تا ماندو تبدیل به یک موجود جهش یافته و متحد جدید لاکپشتها به نام «ماندو گکو» بشود. لاکپشتها به همراه متحد جدیدشان تصمیم گرفتند که با کمک یکدیگر این سربازان رباتی را شکست دهند که در نهایت موفق هم شدند. بعد از این ماجراها، ماندو گکو برای مدت کوتاهی به مخفیگاه زیرزمینی لاکپشتها نقل مکان کرد و مدتی را آنجا ماند.
بعد از گذشت مدتی، از آنجایی که یکی از شخصیت‌های شرور به نام «وید ویشِس»، اپریل را دزدیده بود، لاکپشت‌های نینجا به سراغ او رفتند و برای مدت کوتاهی با یکدیگر درگیر بودند. با توجه به اینکه وید ویشس تحت حمایت سربازان قبیله‌ی فوت بود، لاکپشتها متوجه شدند که یک چیزی اصلا سر جای درستش نیست و این اتفاق معنی بسیار ناگواری دارد. این برادران لاکپشتی خیلی راحت وید ویشس را کتک زدند و اپریل را آزاد کردند اما می‌توان گفت که این اتفاق، تنها یک حواس پرتی بود. طولی نکشید که آنها متوجه شدند شردر موفق به فرار از زندان فوق امنیتی خود شده است و خیلی زود، باری دیگر سر راه لاکپشتها ظاهر شد.
انتقام کرنگ:
جالب است بدانید که رافائل مدتی را در فضا سپری کرد. او در آنجا، به تیم تازه شکل گرفته‌ای به نام «The Mighty Mutanimals» کمک کرد تا مقابل حمله‌ی مالیگنا و سربازان او بایستند و با آنها مبارزه کنند. بعد از اینکه رافائل به سیاره زمین بازگشت، اعضای تیم لاکپشتها باری دیگر به یاد آوردند که شردر هنوز در وضعیت سستی به سر می‌برد و آنها باید به هر قیمتی که شده، از همه چیز محافظت کنند و به اصطلاح اصلا گارد خود را پایین نیاورند. در همین حین و در بُعد ایکس، کرنگ که در حال غصه و گریه و زاری برای وضعیتی که در آن قرار داشت بود، با فردی به نام «اسلش» برخورد کرد؛ یک لاکپشت بیگانه که او هم در سیاره‌ی موربس یک زندانی محسوب می‌شود. کرنگ و اسلش خیلی زود با یکدیگر دوست شدند زیرا کرنگ به اسلش یک دنیای پر از درختان نخل را وعده داده بود (زیرا از وسواس و علاقه‌ی زیاد اسلش با خبر شد). به همین دلیل آنها تصمیم گرفتند که سرتاسر سیاره‌ی موربس را بچرخند و با کمک هم یک راه فرار پیدا کنند.
آنها در طی همین گشت و گذار، مسیرشان به یک سفینه‌ی مخصوص زندان که یک مجرم خاص و بسیار خطرناک به نام «بلی بمب» را پیدا می‌کرد، برخورد کرد. کرنگ با دیدن این مجرم خیلی زود به او علاقمند شد و اسلش را فرستاد تا او را آزاد کند. اسلش و بلی بمب خیلی زود توانستند که نگهبانان را تحت کنترل خود بگیرند و با استفاده از همین سفینه، به سمت سیاره زمین حرکت کردند. آنها به طور اتفاقی در میانه‌ی راه، بیباپ و راک استدی را هم در سفینه‌ی خود سوار کردند. بعد از رسیدن به سیاره زمین، بعد از رسیدن به زمین، کرنگ و دو متحد جدید دیگر خود متوجه شدند که آنها نه تنها با لاکپشتها مشکل دارند، بلکه با شردر هم به اختلاف نظر خورده‌اند. با اینکه شردر متحد سابق کرنگ محسوب می‌شد، اما او کاری کرد که بلی بمب و اسلش، شردر را آرام کنند؛ بعد از این اتفاق، مغز بیگانه‌ی او دور سر شردر را احاطه کرد و در نهایت کنترل تمام بدن او را در اختیار خود گرفت.
این مبارزه همچنان ادامه داشت و سه جنایتکاری که از بُعد ایکس به زمین آمدند، در حال پیروز شدن بودند. با این حال، طولی نکشید که اوضاع به طور کلی تغییر کرد زیرا اسلش در همان حین مبارزه کردن، چشمش به یک درخت نخل پلاستیکی که در یک پت شاپ قرار داشت، خورد. این لاکپشت بیگانه بلافاصله به سمت این فروشگاه رفت و شیشه‌ی آن را شکست. او این درخت نخل را دزدید و بلافاصله آنجا را ترک کرد زیرا دیگر هیچ علاقه‌ای به مبارزه کردن نداشت. از آنجایی که یکی از اعضای تیم حریف از مبارزه کنار رفته بود، لاکپشتها تصمیم گرفتند که تمام تمرکز خود را روی بلی بمب بگذارند و در نهایت کرنگ را مجبور کردند که جسم شردر را رها کند. در همین لحظه بود که بیباپ و راک استدی به همراه تعدادی اسلحه و چند حیوان که آنها را از باغ وحش فراری داده بودند، سر رسیدند. شردر تصمیم گرفتند که عقب نشینی کند اما پیش از اینکه این اتفاق بیوفتد، لئوناردو به بزرگترین دشمن تیم خود گفت که او به لاکپشتها بدهکار است. شردر هم با اکراه این موضوع را پذیرفت. با اینکه برخی‌ها تصور می‌کردند که راک استدی و بیباپ قصد کمک کردن به کرنگ را دارند، اما اصلا اینطور نبود بلکه آنها قصد داشتند که این شخصیت شرور و همچنین متحد او یعنی بلی بمب را دوباره به زندان برگردانند. این دو جهش یافته، کرنگ، بلی بمب و همچنین حیواناتی را که از باغ وحش آزاد کرده بودند، سوار همان سفینه‌ی مخصوص زندان کردند و آنها را به بُعد ایکس بازگرداند.
اعضای گروه لاکپشت‌های نینجای نوجوان جهش یافته حالا دیگر حس‌های مختلفی داشتند؛ از یک طرف، از اینکه دو دشمن بسیار خطرناک شکست خوردند و به جایی که به آن تعلق داشتند، رفته بودند و همچنین از اینکه بیباپ و راک استدی مسیر جدید و خوبی را در پیش گرفتند، احساس خوب و پر از آرامشی داشتند. اما از طرف دیگر هم از اینکه می‌دانستند، شردر و اسلش همچنان آزاد هستند و اینکه در آینده‌ای نزدیک به احتمال خیلی زیاد باز با هم متحد می‌شوند، حس بسیار بد و پر از نگرانی‌ای داشتند.
ورود نینجارا:
اعضای این تیم بعد از چند ماجراجویی کوچک در تبت، مسیر خود را به سمت کشور ژاپن کج کردند. در آنجا، آنها متوجه شدند که فردی به نام « Warrior Dragon» و همچنین مربی او به نام «فو شنگ» توسط نینجاهای مرموزی ربوده شده‌اند. از طرف دیگر هم طولی نکشید که خود لاکپشتها توسط دو تن از این نینجاها که کاملا لباس‌های سفید رنگی بر تن داشتند، مورد حمله قرار گرفتند. این دو نینجا آنقدر در مبارزه کردن مهارت داشتند که لاکپشتها به سختی توانستند آنها را شکست دهند. این نینجاها که شکست خورده بودند، به سمت استاد خود یعنی «چیِن خان» بازگشتند. چین خان بعد از با خبر شدن از شکست آنها، مرگبارترین و کشنده‌ترین قاتل خود یعنی «نینجارا» را به سراغ لاکپشتها فرستاد تا آنها را به قتل برساند. او با اشتیاق بسیار زیاد پیشنهاد استاد خود را پذیرفت و گفت: «من سر آنها را برای شما خواهم آورد».
لاکپشتها خیلی زود دوباره توسط آن نینجاها که این بار زن روباه مانندی به نام نینجارا به آنها پیوسته بود، مورد حمله قرار گرفتند. این زن آنقدر در هنرهای رزمی تسلط و مهارت داشت که به راحتی با خودشان رقابت می‌کرد. در همین حین، نقشه‌ی واقعی خان که برای Warrior Dragon در نظر داشت، مشخص شد. او قصد داشت تا با استفاده از قدرت‌های اژدهای جنگجو، یک پورتال به سمت دنیای زیرزمینی ایجاد و استاد شیطانی خود را به نام «نوی تای دار» آزاد کند. به منظور انجام این نقشه، خان قصد داشت تا یک دختر نوجوان به نام «اویوکی» را فدا کند تا شیطان را به بالاترین حد قدرتی خود برساند.
لاکپشتها در نهایت نقشه‌های شیطانی خان را برای نینجارا فاش کردند. اما دیگر برای متوقف کردن این نقشه‌ها دیر شده بود و آنها دیگر نمی‌توانستند این پورتال را ببندند زیرا نوی تای دار کم کم در حال وارد شدن به این دنیا بود. با اینکه لاکپشتها موفق به بستن پورتال نشدند، اما توانستند اویوکی را از خطر مرگ نجات دهند و اژدهای جنگجو را هم از کنترل ذهنی‌ای که روی او بود، آزاد کنند. به همین دلیل، از آنجایی که مقدمات لازم برای قدرتمندتر شدن نوی تای دار مهیا نشد، اژدهای جنگجو خیلی راحت توانست نوی را شکست دهد و او را مجبور به بازگشت به همان دنیای زیرزمینی کند. بعد از اینکه این مبارزه‌ها به پایان رسید، نینجارا و اویوکی تصمیم گرفتند که با همان لاکپشتها و اپریل بمانند. اما چین خان ناپدید شد و همه تصور می‌کردند که او مرده است (اما اینطور نبود و بعد از گذشت مدتی، او در مجموعه‌ی محدود و اختصاصی اپریل اونیل دوباره ظاهر شد).
لاکپشتها، اپریل و همچنین دوستان جدید آنها پیش از ترک کشور ژاپن، یک ماجراجویی جدید دیگر هم داشتند. آنها به یک کشتی‌گیر کشتی سومو به نام «تتو» کمک کردند که سگ خود به نام «اینکی» را از دست یک سری گانگستر نجات دهد. این گانگسترها او را تهدید کرده بودند که اگر او در مسابقه‌ی بعدی خود به خواسته‌ی آنها عمل نکند، آنها هم سگ او را به قتل می‌رسانند.
بعد از این ماجراها، لاکپشتها به سمت تبت بازگشتند و یک متحد جدید به نام «کاتماندو» در آنجا پیدا کردند. این گروه که متشکل از چهار مرد مسلح ببری بود، به لاکپشتها کمک کردند تا از یک کودک دفاع کنند. سرنوشت برای این کودک اینگونه مقدر کرده بود تا تبدیل به فردی به نام «چارلی لاما» شود و دشمن شخصیت شروری به نام «مانگ ترشا» باشد.
بازگشت شردر:
ماجراجویی بعدی، لاکپشتها، اسپلینتر و نینجارا را به کشور ایران آورد. در این کشور آنها متوجه شدند که شش مرد رداء پوش در حال دزدیدن مهم‌ترین و ارزشمندترین دارایی این کشور هستند. آنها قصد داشتند تا سنگ سیاه مکه را از یک موزه بدزدند. به همین پلیل، این برادران لاکپشتی بدون اینکه بدانند که تحت تعقیب موجودی به نام « Al Falqa» قرار دارند، تصمیم گرفتند که کاری در جهت متوقف کردن این نقشه انجام دهند. Al Falqa یک شاهین جهش یافته محسوب می‌شد که سعی در به دست آوردن آن سنگ به خصوص داشت. برادران لاکپشتی تلاش کردند که تمام سر نخ‌ها و ردهایی را که از این دزدان دارند، دنبال کنند اما در یک طوفان شنی گیر افتادند. بعد از اینکه این طوفان شن فروکش کرد، متوجه شدند که اسپلینتر کنار آنها نیست. Al Falqa سراغ این لاکپشتها آمد و با آنها متحد شد. لاکپشتها این شاهین را به آسمان فرستادند تا او هر ردی را که از دزدها می‌تواند، پیدا کند.
بعد از اینکه این شاهین پیش متحدان خود بازگشت، اعضای گروه مشغول ردیابی این دزدان شدند. طولی نکشید که آنها متوجه شدند که این دزدها متعلق به شردر هستند. این تیم سارقان از چهار سرباز از قبیله‌ی فوت و یک گربه‌ی جهش یافته‌ی سایبورگی که دشمن آنها محسوب می‌شد و «ورمیناتور ایکس» نام داشت، تشکیل می‌شد. در حالی که Al Falqa با شردر و همچنین ورمیناتور ایکس مبارزه می‌کرد، لاکپشت‌های نینجا هم مشغول مبارزه با سربازهای قبیله‌ی فوت بودند. با این حال، گربه‌ی جهش یاقته و سایبورگی از مسیر مبارزه خارج شد و لاکپشتها را تهدید کرد که اگر خود را تسلیم نکنند، او اسپلینتر را می‌کشد. در همین لحظه، لئوناردو به شردر یادآوری که او لاکپشتها بدهکار است زیرا آنها شردر را از کنترل کرنگ آزاد کرده بودند. همین یادآوری باعث شد تا این شخصیت شرور به ورمیناتور ایکس دستور دهد که دست از سر اسپلینتر بردارد. شردر و متحد خود از طریق پورتال موقتی که ایجاد کرده بودند، پا به فرار گذاشتند. Al Falqa با دیدن این صحنه به‌شدت عصبانی شد زیرا تصور می‌کرد که این سارقان، به همراه سنگ سیاه فرار کرده‌اند. اما در همین لحظه نینجارا اعلام کرد، زمانی که همه مشغول مبارزه با یکدیگر بودند، او سنگ سیاه واقعی را با یک نسخه‌ی تقلبی جابه‌جا کرد. بعد از پایان یافتن این ماجرا، نینجارا سنگ سیاه واقعی مکه را به Al Falqa داد.
چهار اسب سوار نال:
در این برهه زمانی، لاکپشت‌های نینجا باری دیگر به آمریکای جنوبی رفتند. آنها در این کشور با افرادی برخورد کردند که مشعل‌هایی را حمل می‌کردند و قصد داشتند که جنگل انبوه را به آتش بکشند. لاکپشتها تصور می‌کردند که این افراد، انسان‌های معمولی هستند اما زمانی که آنها روی واقعی خود را نشان دادند، مشخص شد که آنها نه تنها دشمنان و انسان‌های معمولی نیستند، بلکه یک سری زامبی‌های زنده محسوب می‌شوند. برادرهای لاکپشتی، اسپلینتر و همچنین نینجارا، به مبارزه با این زامبی‌ها ادامه دادند اما در این حین، موفقیت بسیار کمی کسب کرده بودند. با این حال خیلی زود، کمک غیرمنتظره و البته فوق‌العاده خوش‌آیندی از متحدان قدیمی‌شان یعنی Mutanimals دریافت کردند. Mutanimals برای متحدان خود توضیح دادند که این فعالیت‌ها زیر سر نال است. آنها مشغول همین صحبت‌ها بودند که ناگهان مورد حمله‌ی سه هیولای بسیار بزرگ قرار گرفتند؛ هیولاهایی که بعدا خود را با نام‌های «فمین»، «پستیلنس» و «وار» معرفی کردند.
خیلی زود لاکپشتها، Mutanimals، نینجارا و همچنین اسپلینتر با این شیطان‌ها درگیر شدند. درست در زمانی که به نظر می‌رسید آنها در این مبارزه برتر پیدا کردند و در حال پیروز شدن هستند، «دث» به میدان آمد. دث خیلی زود گروه مقابل خود را به دسته تقسیم کرد و هر کدام از آنها را به یک دنیای توهمی فرستاد. هر گروه از این متحدان تقسیم شده مجبور بودند تا در دنیای مخصوص خودشان، با یکی از اعضای چهار اسب سوار مبارزه کنند. بعد از گذشت مدتی، در کمال تعجب، اسب سواران توانستند پیروزی این مبارزه را به دست بیاورند.
اما این همه‌ی ماجرا نبود و تمام شکست‌ها نصیب لاکپشتها و متحدانشان نشد. درست است که بعد از این مبارزه‌ی بد، آنها در اختیار دشمنانشان قرار داشتند و نال و دث مدام از آنها مراقبت می‌کردند. علاوه بر این، آنها در همین حین متوجه شدند که چرا نمی‌توانستند به اسب سواران مقابل خود آسیب بزنند زیرا آنها تنها عروسک‌های کنترل شده‌ای محسوب می‌شدند که زیر دث قرار داشتند. این حقیقت توسط کید ترا آشکار شد زیرا او به سمت دث حمله‌ور شد و عروسک‌های او را نابود کرد. خیلی زود این دو تیم جهش یافته توانستند از زندانی که در آن قرار داشتند فرار کنند. حالا، از آنجایی که سه اسب سوار دیگر به دث متصل نبودند، کار قهرمانان داستان ما هم در جهت شکست دادن این هیولاها بسیار راحت و کوتاه شده بود. در همین حین، «جونتارا»، «عزرائیل» و نینجارا هم به سراغ نال رفتند. نال این سه زن را اصلا جدی نگرفت و تصور می‌کرد که شکست دادن آنها خیلی راحت است. اما خیلی زود این سه زن شروع به کتک زدن نال کردند. زمانی که نال دیگر احساس خطر کرد، با اسلحه خود به سمت جونتارا شلیک کرد اما در عوض این گلوله به کید ترا اصابت کرد.
در همین لحظه، نال اعلام کرد که آنها اصلا نمی‌دانند خود را با چه چیزی درگیر کرده‌اند. او همچنین گفت که با هر عمل شرورانه‌ای، او قدرتمندتر خواهد شد. بعد از اینکه او با این صحبت‌ها افراد مقابلش را تحت تاثیر قرار داد، بال‌های بزرگی مانند بال خفاش از پشت این شرور خارج شد و با پرواز کردن از آنجا رفت. در همین حین هم دث به سراغ بدن کید ترا رفت و روح او را از بدنش خارج کرد. دث با تکبر رجز خوانی می‌کرد و اعتقاد داشت که شرارت حداقل مزه‌ی پیروزی را چشیده است. اما این خوشحالی زیاد ادامه نداشت زیرا در همان لحظه جونتارا داس «ریپر» را برداشت و دث را از وسط به دو نیمه تقسیم کرد. همین اتفاق باعث شد که روح ترا به جسمش بازگردد. بعد از بازگشت روح به جسم، کید ترا دوباره بیدار شد؛ با اینکه زخم‌های زیادی داشت اما زنده بود. بعد از این جریانات، لاکپشتها با متحدان خود خداحافظی کردند و آماده برای بازگشت به خانه شدند.
The Future Shark Armaggon:
لاکپشت‌های نینجا، اسپلینتر و نینجارا بعد از بازگشت به مخفیگاه زیرزمینی‌شان، با دیدن یک پورتال آشنا درون این مخفیگاه، که شباهت زیادی به همان پورتالی که شردر و ورمیناتور ایکس با آن فرار کرده بودند، به‌شدت تعجب کردند. این پورتال درون اتاق نشیمن آنها باز شده بود. آنها خیلی زود متوجه شدند که آن دو دشمن از این پورتال استفاده نکرده بودند بلکه دو تن از دوستانشان بودند؛ البته اگر بخواهیم دقیق‌تر بگوییم، دو دوست که دقیقا خودشان بودند. این دو دوست، دو لاکپشت بودند که نسخه‌های آینده‌ی رافائل و داناتلو محسوب می‌شدند. آنها در بعد زمان به گذشته آمده بودند تا از نسخه‌های جوان‌تر خود، درخواست کمک کنند. این دو لاکپشت مربوط به آینده، داستان خود را درباره‌ی اینکه چرا به زمان گذشته آمدند، شرح دادند. مثل اینکه یک جهش یافته‌ی کوسه‌ای به نام «آرماگون» به مقر اصلی آنها وارد شد و در حالی که قصد داشت تا از آزمایشگاه داناتلو دزدی کند، گیر افتاده است.
این لاکپشتها با کوسه‌ی سارق مبارزه کردند تا اینکه او به داخل شهر منهتن که دیگر بخش زیادی از خیابان‌های آن زیر آب رفته بود، عقب نشینی کرد. از آنجایی که این لاکپشتها در زمینه‌ی مبارزه زیر آب هم مهارت زیادی داشتند، او را در داخل آب هم تعقیب کردند. مثل اینکه آنها در حال پیروز شدن در این مبارزه بودند اما از آنجایی که متحدان آرماگون یعنی شردر و ورمیناتور ایکس در این نبرد مداخله کردند، همه چیز به هم ریخت. مثل اینکه در همین لحظه، آرماگون یک اژدر یا ماهی برقی به سمت لاکپشتها پرتاب کرده است. زمانی که نسخه‌های آینده‌ی راف و دان به هوش آمده‌اند، متوجه شدند که دو برادر دیگرشان نیستند و علاوه بر آن، راف هم در طی این انفجار یکی از چشم‌های خود را از دست داده بود. نسخه‌های جوان‌تر لاکپشتها بعد از شنیدن این ماجراها قبول کردند که به نسخه‌های آینده‌ی خود کمک کنند. به همین دلیل به همراه آنها در بعد زمان به آینده سفر کردند. در آنجا متوجه شدند که این گروه به خاطر اختراعات بسیار خوب داناتلو، آنها خیلی ثروتمند شدند و دیگر در میان مردم عادی و در ملاء عام زندگی می‌کنند.
در همین حین که راف و دون به گذشته رفته بودند، آرماگون هم اشیاء متعددی را از میان آشغال‌های نال که در اعماق دریا انباشته شده بود، پیدا کرد. او علاوه بر این اشیاء، در راه بازگشت به مخفیگاه خود، «مِردود» را هم که بیهوش شده بود، با خود آورد. زمانی که آرماگون به مخفیگاه برگشت و متوجه شد که شردر و ورمیناتور فریب خوردند و به همراه یک سنگ سیاه تقلبی بازگشتند، به‌شدت عصبانی شد. این موجودات شرور برای اینکه بتوانند برای مدت نامحدودی قدرت و نیروی ژنراتور مخصوص خود را در حد بالایی نگه دارند، به این شیء نیاز داشتند. در غیر این صورت، سطح قدرتی این ژنراتور در همان وضع قبلی باقی می‌ماند. بعد از اینکه رافائل و داناتلو نسخه‌های جوان‌تر خود را از گذشته آوردند، چندین مورد مبارزه و زد و خورد اتفاق افتاد که در نهایت لاکپشتها توانستند پیروزی را از آنِ خود کنند. با این حال، بعد از پایان یافتن این نبردها، آرماگون فرار کرد و به داخل یک پورتال رفت. این در حالی بود که لاکپشتها هم او را تعقیب کردند. در این برهه زمانی دیگر نقشه‌های این موجودات شرور بر ملا شده بود. آرماگون قصد داشت تا با این نقشه‌ی خود، در روند تکامل کوسه‌ها تغییر ایجاد کند تا به این طریق بتواند کاری کند که کوسه‌ها، گونه‌ی غالب روی کره‌ی زمین باشند. او اصلا اعتقاد نداشت که یک جهش یافته محسوب می‌شود بلکه معتقد بود که یک نمونه‌ی زنده از همان تکاملی است که به دنبال آن می‌گردد. در نهایت نقشه‌ی دیوانه‌وار آرماگون با مداخله‌ی لاکپشتها نقش بر آب شد.
Terracide:
در جزیره‌ی Mutanimals، یک خشونت و جنایت بسیار بزرگ رخ داد. تمامی اعضای Mutanimals توسط چهار قاتل سایبورگی که تحت نظارت و کنترل نال و مالیگنا فعالیت می‌کردند، کشته شدند. همین اتفاق منجر به این شد که لاکپشتها، نسخه‌های آینده‌ی لاکپشتها، اسلش، نینجارا و همچنین اسپلینتر به یک درگیری مرگبار بروند؛ درگیری که باعث شد تمام قهرمانان داستان ما زنده از آن بیرون نیایند.
مجموعه جدید (کمپانی IDW):
در ماه آگوست سال ۲۰۱۱ کمپانی IDW با استودیو نیکلدئون (Nickelodeon) همکاری‌ای را آغاز کردند. آنها با یکدیگر تصمیم گرفتند که یک مجموعه‌ی جدید در رابطه با شخصیت‌های لاکپشتی قهرمان بنویسند. خود کوین ایستمن که خلق این شخصیت‌ها را برعهده داشت، نویسندگی این مجموعه را برعهده گرفت. علاوه بر ایستمن، تام والتز هم در نویسندگی به او کمک می‌کرد. از طرف دیگر طراحی تصاویر هم برعهده دن دانکن بود.
اولین خط داستانی‌ای که زیر نظر این کمپانی منتشر شد، در چهار بخش، داستان منشاء و گذشته‌ی این لاکپشت‌های قهرمان را بیان می‌کرد. علاوه بر آن، ما شاهد معرفی یک شخصیت شرور جدید به نام «اولد هاب» بودیم؛ یک گربه‌ی خیابانی جهش یافته و ترسناک. بعد از گذشت مدتی، شخصیت‌های محبوب سابق هم به این مجموعه وارد شدند؛ شخصیت‌هایی مانند استاد اسپلینتر، اپریل اونیل و همچنین کیسی جونز. کمپانی IDW و استودیو نیکلدئون در زمینه‌ی انتشار کتاب‌های کمیک و رمان‌های گرافیکی درباره گروه لاکپشت‌های نینجای نوجوان جهش یافته که المان‌ها و ویژگی‌های کاملا جدیدی داشت، همکاری طولانی مدتی را با هم داشتند. کتاب‌های کمیک جدید کمپانی IDW بخشی از یک ابتکار و ایده‌ی بزرگتر بود. آنها قصد داشتند که لاکپشت‌های قهرمان را در میان نسل جدیدی از طرفداران هم به نمایش بگذارند. به همین دلیل، آنها نوشتن و انتشار خط داستانی‌های جدیدی را آغاز کردند که از همان مجموعه‌های اصلی الهام گرفته بود تا بتوانند به این طریق، جادویی را که در کتاب‌های کمیک اصلی لاکپشتها وجود داشت، به این مجموعه‌های جدید هم بیاورند.
پنجمین لاکپشت:
در یک یا چند مورد متفاوت در میان بسیاری از نسخه‌های مختلف گروه لاکپشت‌های نینجای نوجوان جهش یافته، به این موضوع اشاره شده بود که یک لاکپشت پنجمی هم وجود دارد. در مواقعی که بحث واقعا بر سر یک موجود لاکپشتی بود، اسم اسلشر یا حتی نسخه‌ی زنانه‌ای به این «ونوس د میلو» به میان می‌آمد. اما در مواردی هم موجودات غیر لاکپشتی‌ای مانند نینجارا یا «مونا لیزا»، به عنوان پنجمین لاکپشت نام برده می‌شدند. جالب است بدانید که این «پنجمین» لاکپشت معمولا فقط در کتاب‌های کمیک کمپانی آرچی یا در کارتون‌ها و لایو اکشن‌های سریالی ظاهر می‌شد.
در انتها به چند مورد از انیمیشن‌ها، فیلم‌ها و بازی‌هایی اشاره می‌کنیم که گروه لاکپشت‌های نینجای نوجوان جهش یافته در آن حضور داشت:
- انیمیشن سریالی Teenage Mutant Ninja Turtles محصول سال ۱۹۸۷ تا ۱۹۹۶ با صداپیشگی کام کلرک در نقش لئوناردو، بری گوردون در نقش داناتلو، راب پالسن در نقش رافائل و تاون سند کولمن در نقش مایکل آنجلو
- لایو اکشن سریالی Ninja Turtles: The Next Mutation محصول سال ۱۹۹۷ تا ۱۹۹۸، لئوناردو (با بازی گیب کوث و شیشیر اینوکالا و صداپیشگی مایکل دابسون)، رافائل (با بازی میچل ای. لی یوئن و دین چو و صداپیشگی مت هیل)، مایکل آنجلو (با بازی جرد بلنکارد و لری لم و صداپیشگی کربی مارو) و داناتلو (با بازی ریچارد یی و دیوید سو و صداپیشگی جیسون گری استنفورد)
- انیمیشن سریالی Teenage Mutant Ninja Turtles محصول سال ۲۰۰۳ تا ۲۰۱۰
- انیمیشن سریالی Teenage Mutant Ninja Turtles محصول سال ۲۰۱۲ تا ۲۰۱۷ با صداپیشگی جیسون بیگز در نقش لئوناردو، راب پالسن در نقش داناتلو، شان آستین در نقش رافائل و گرگ کیپس در نقش مایکل آنجلو
- انیمیشن سریالی Rise of the Teenage Mutant Ninja Turtles محصول سال ۲۰۱۸ تاکنون با صداپیشگی عمر بنسون میلر در نقش رافائل، بن شوارتز در نقش لئوناردو، برندو مایچل اسمیت در نقش مایکل آنجلو و جاش برنر در نقش داناتلو
- فیلم Teenage Mutant Ninja Turtles محصول سال ۱۹۹۰ با صداپیشگی برایان توچی در نقش لئوناردو، کوری فلدمن در نقش داناتلو، جاش پیس در نقش رافائل و رابی ریست در نقش مایکل آنجلو
- فیلم Teenage Mutant Ninja Turtles II: The Secret of the Ooze محصول سال ۱۹۹۱، لئوناردو (با بازی مارک کیسو و صداپیشگی برایان توچی)، مایکل آنجلو (با بازی میشلان سیستی و صداپیشگی رابی ریست)، داناتلو (با بازی لیف تیلدن و صداپیشگی ادم کارل) و رافائل (با بازی کن اسکات و صداپیشگی لاری فاسو)
- فیلم Teenage Mutant Ninja Turtles III محصول سال ۱۹۹۳
- فیلم Teenage Mutant Ninja Turtles محصول سال ۲۰۱۴
- فیلم Teenage Mutant Ninja Turtles: Out of the Shadows محصول سال ۲۰۱۶
- بازی Injustice 2 محصول سال ۲۰۱۷
- بازی Teenage Mutant Ninja Turtles: Mutants in Manhattan محصول سال ۲۰۱۶
- بازی Teenage Mutant Ninja Turtles: Danger of the Ooze محصول سال ۲۰۱۴
- بازی Teenage Mutant Ninja Turtles: Turtles in Time Re-Shelled محصول سال ۲۰۰۹
